Моя сестра правильно сказать: Иногда по воскресеньям мы готовим завтрак, но обычно спим до самого обеда.

Не совсем понятен смысл. Всё зависит от главного слова. Есть варианты:
1. По воскресеньям мы обычно завтрак не готовим, а только иногда (изредка) - непонятно, готовите-ли вы завтрак в остальные дни и вообще, важно-ли это.
2. В обычные дни мы завтрак не готовим, а только по воскресеньям, тогда "иногда" и не нужно, а можно добавить "только по воскресеньям, да и то иногда".

Если это вариант №1, то будет так:
On Sunday, we usually eat in a church, but sometimes we stay home to make breakfast ourselves if we find enough food in the nearest chinese restaurant's garbage cans.

Вобщем не парьтесь и говорите как хотите.

Когда я в штатах язык учил, мой первый учитель сказал замечательную вещь:
- Вот вы со своей женой много лет прожили и говорите на одном языке. Она вас всегда понимает? А вы её?
А что вы хотите от незнакомых людей и на другом языке?

На слух правильнее звучит в "начале".

А на будущее, если терзаетесь, то спросите у гугла.
Просто посчитайте количество ссылок на такие запросы: "We sometimes make" и "Sometimes we make"
Та что больше, получает приз.