Как работают правила?

Если с твёрдым знаком всё ясно. То с фитой - непонятно. Есть слова-исключения? Вроде Ѳимиамъ. В то время как фокусъ пишется с классической Ф.

И как быть с ять? По виду это безударное "е". Или есть исключения?